آلاینده‌های خاصی که سبب آلودگی آب می‌شوند شامل طیف وسیعی از مواد شیمیایی، بیماریزاها و تغییرات حسی و فیزیکی از قبیل افزایش دما و تغییر رنگ هستند. با اینکه بسیاری از مواد شیمیایی که در آب تنظیم می‌شوند به صورت طبیعی وجود دارند (کلسیم، ... سدیم، آهن، منیزیم و غیره) اما غلظت آنهاست که تعیین می‌کند که کدام ماده جزء طبیعی آب است و کدام آلاینده می‌باشد. غلظت‌های بالای یک جرء طبیعی آب می‌تواند اثرات نامطلوبی بر زندگی گیاهان و جانوران ساکن در آب داشته باشد. چیزهایی که اکسیژن آب را مصرف می‌کنند ممکن است مواد طبیعی از قبیل گیاهان (برگ‌ها یا علف‌ها) بوده یا مواد شیمیایی ساخته دست بشر باشند. بعضی مواد طبیعی یا ساخته بشر ممکن است سبب ایجاد کدروت در آب شده و با جلوگبری ار نفوذ نور رشد گیاهان را مختل کنند و یا در آبشش بعضی از گونه‌های ماهی‌ها رسوب کند.